更新后的校徽在色彩和設計上進行了顯著的調整。原有的綠藍配色被去除，新的心形外框以紅色為底，內部圖形則采用了反白處理，形成更為鮮明的對比。在細節上，新版校徽并未對內部的圖形做改動，如蛇、手杖和楊柳枝與原先的造型一致，只是在圖形的底部居中位置添加了學校的創始年份。
另一個較為顯著的變化是盾形外框的設計。新校徽的盾形外框去掉了縮寫名稱，頂部區域增加中文校名，左右兩側輔以英文全稱校名。此外，新版字標采用了「方正啟功行楷」字體，并將「北京中醫藥大學」更改為繁體「北京中醫藥大學」。
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